城堡因其主人St.Donan而命名。St.Donan,原名是Abbot Donan,6世纪Ayrshire人,在城堡中过着修道生活。公元618年四月十七日,当他和其他僧侣一起庆祝Holy Eucharist的时候,修道院遭到了一伙海盗的抢劫,他和另外52名僧侣被斩首。
城堡因其地理位置三面环水又在西海岸,从来都是遭受入侵首当其冲的地方。日耳曼人,维京海盗,以及后来的西班牙人,都在这里登陆。其实城堡自修建之日起,就不适合居住,不过其三面环水的地理位置和其高贵的气质尤其难得。自13世纪后期的Kenneth起3个世纪,城堡都由Mackenzie家族拥有。再往后,几经转手,1719年,城堡被当时的政府军队包围,在爆炸中变成废墟。1911年,John MacRae-Gilstrap买下Eilean Donan,20年后,重建工作完成。如今,城堡由MacRae家族私人拥有。